人文社会科学
中亚文明与西向开放协同创新(培育)中心
公司治理与管理创新研究中心 兵团屯垦经济研究中心
新疆非物质文化遗产研究中心 中国特色社会主义理论体系研究中心
棉花经济研究中心 农业现代化研究中心
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工程科学
新疆特色果蔬贮藏加工教育部工程研究中心 绿洲农业工程与信息化教育部工程研究中心
特色作物生产机械装备国家地方联合工程实验室 特色果蔬国家地方联合工程研究中心
氯碱化工清洁生产与产品高值化技术协同创新(培育)中心
新疆兵团特色果蔬加工工程技术研究中心 材料化工工程技术中心
材料化工重点实验室 农产品加工工程重点实验室
农业部西北农业装备重点实验室
医学科学
新疆地方性高发病国家国际科技合作基地 西部地区高发人兽共患传染性疾病防治协同创新中心
农学科学
棉花生产技术现代化协同创新中心
动物健康养殖国际联合研究中心
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